Í hann runnu greiðslur fyrir seldar kirkjujarðir. Í lögum nr. 50/1907, 16. grein, segir:
Eign Kirkjujarðasjóðsins skal ávaxta sem óskerðanlegan höfuðstól, og skal árlega leggja við innstæðuna 5% af árstekjunum, en að öðru leyti ganga vextirnir í Prestlaunasjóð, til að launa sóknarpresta þjóðkirkjunnar.1Stjórnartíðindi 1907 A, bls. 316.
Kirkjujarðasjóður var lagður niður með lögum nr. 35/1970, 19. grein a. Skyldi hann ganga í Kristnisjóð.2Stjórnartíðindi 1970 A, bls. 294.